宋代民间宗教活动增多，政府也逐渐重视对“邪教”的处置。首先命令地方政府严格查处，如不能发觉者，予以重谴，知而不举，与同罪。另外对能举报者给予奖励。同时，因许多秘密宗教都是借迎神赛会之机进行宗教活动，对民间结社行为严格控制，并且广泛打击淫祀。另一方面，政府加强宣传活动，多次令地方官出榜晓谕，自首者原罪，限满不首者许诸色人等告。
元代基本沿用了之前的政策，实行夜禁，“一更三点钟声绝，禁人行，五更三点钟声动，听人行……其集众祠祷者，禁之。”另外，对集会行为也严加控制，保持非常谨慎的态度，甚至连民间祈神赛社活动也遭禁止。
明代一沿前例，禁妖书妖言左道等，由于民间秘密宗教活动转盛，又有元朝灭亡的前车之鉴，明代新设了师巫邪术罪，禁止白莲社、明尊教、白云宗等会乃至一应左道异端之术，并且禁止“隐藏图像，烧香集众，夜聚晓散，佯修善事，煽惑人民”。除了对教中主要分子加以重罚外，还收缴经书，焚毁经版，拆毁淫祠，销毁偶像（包括教主坟墓），没收教产等等。
清代为民间秘密宗教最盛的朝代，政府的态度也最为严厉，从清代档案中留下的大量关于“教案”的记载就可见一斑。并且，《大清律》特设“兴立邪教罪”，处罚颇严。一方面，清朝政府严格查处邪教，几乎每个皇帝都曾多次下谕令地方严防严查。另一方面，从中央到地方都普遍进行宣传，嘉庆帝甚至专门撰写了《御制邪教说》晓谕天下。一些地方官意识到“邪教”的严重性，也努力设法整治。例如黄育楩作成《破邪详辩》一书，详细批驳“邪教”之非，将其印刷装订分发。
除了逮捕“邪教”主要分子，政府还使用许多其他手段。
其一，沿袭前朝制度，禁止私立寺观，私度僧尼，但是此时的秘密宗教通常都让信徒保持世俗生活，因此此条的约束力就很小了。八零小说网
其二，禁毁邪教经卷。
其三，禁淫祀。淫祀中的神灵多有与邪教相通者，因此对淫祀的禁止也部分打击了邪教。
其四，严格监控教首家族或邪教重要分子。因为教首家族遭打击后，失去了优越的生活条件，因此还活着的家族成员往往图谋复教。一些在传教活动中获得利益的重要分子，也会利用教首家族的影响号召曾经的教众。
但是，清代的地方官员并不总是致力于查处“邪教”。由于种种原因，在面对“邪教”问题时他们存在着很多顾虑。有些时候他们为了避免任内出现不良事件，显得教化无方，即使发现“邪教”问题也隐瞒不报，或者加以很轻的处罚，放任自流。
另外，如果有人告发就严密排查的话，一方面因循之习让他们不愿意这样做，另一方面也是担心并未查出任何结果，会落得扰民的罪名，或者因查处太严，激成教徒暴动。地方官在“邪教”问题上的角色实际上是很尴尬的，怀柔政策可能被指责办事不力，而严酷镇压又可能承担激起民变的责任。
华夏历史上的“邪教”概念晚于“邪教”事实出现。在漫长的历史时期中，对“邪教”并没有明确的定义。虽然历朝法规都对类似的行为做出了禁令，但“邪教”与宗教之间的界限仍不明晰。普通的民间宗教可能在某一情形下很快地转化为“邪教”，集结起来进行反政府的行为。因此历朝历代对民间宗教都抱着警惕的态度。
在不同的历史时代中，认定“邪教”的标准不同。这可能源于每一时代“邪教”具有的共性。但是由于“邪教”与宗教之间缺乏明确的界限，在处置具体事件时，常常由于君主或官员的个人原因，将普通民间宗教上升为“邪教”来处理，或将“邪教”作为普通民间宗教而不加处理。而君主或官员自身也处于两难的境地，既恐惧不加处置，民间宗教最终转化为反政府力量，又担心处理过严，反而激起教徒暴乱。
华夏的民众向来是多神信仰，没有“异端”思想，因此常常崇奉各种不同的神灵，包括官方承认的神灵与“淫祀”，这也使得“邪教”活动不容易区分于一般的崇拜活动如迎神赛会，烧香拜神等，增加了“邪教”活动的隐蔽性，也颇有进行一般的崇拜活动者被株连。不信教的民众对“邪教”的态度，通常是冷漠的旁观者，因为举报者容易牵连自身，而乡土社会的结构也抑制了这种举报行为。
另一方面，出现了一些利用政府对“邪教”的方针挟嫌报复的诬告者。因为“邪教”具有一些与民间信仰的共同行为，例如吃斋念经，烧香拜佛等，所以进行这一指控非常容易。
总而言之，在华夏历史上，“邪教”对当时的政权的危害性是巨大的。几乎每个朝代都经历过大规模的以宗教组织起来的武装暴乱。这一类的行为曾经颠覆了多个政权。而“邪教”虽存在着一些共同特征，但是与正常信仰活动之间却没有截然的分界，这使得其活动具有隐蔽性，对其进行处置存在相当的困难。
也许是从小的学校教育灌输的理念，王珂对真正的邪教组织没有什么好感，甚至深恶痛绝！
而一些真正教化众生向善的宗教由于不受统治者待见被扣上邪教的大帽子，王珂则十分同情和维护。
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