在教学工作中他和张积中有些不同，一直不太喜欢加入太过宗教、太过神秘的那些东西，可以有，但不能过，所以南宗重在谈性命，其它则较少，所以南宗相比北宗显得更加学术些。南宗接收弟子同样没有什么限制，既做到了有教无类，又重视底层小富阶层，多年下来别的不说，至少没有引起官府的注意，而且并不比北宗发展得差。
张积中出事以后，李光炘也害怕了，换谁也怕呀，于是他便带着门人转入地下活动，行事更为小心了。为了能够早日回到阳光下公开讲学，李光炘也积极想办法，比如他努力结交权贵，其中就包括曾国藩，试图寻找靠山，同时进一步设计教学内容和方式，把有可能触及清政府敏感神经的所有环节都慎重地加以修订。可惜直到光绪十一年（1885年）李光炘去世时，学派也没能够恢复正常的讲学活动。
李光炘教出了两位非常优秀的弟子，一个叫黄葆年，一个叫蒋文田，是太谷学派三代传人中最出色的代表。黄崖教匪案以后，太谷学派北宗彻底断了传承，所以北宗的三代传人基本上没有了，李光炘就派了蒋文田北上山东泰州，试图重新恢复北宗，黄葆年则留在南方协助他继续处理南宗的事务。
黄葆年不到二十岁就拜在了李光炘门下，学习一直非常好。1873年，黄葆年中举，先后在临淄、莱阳、泗水等地当县令，一干就是20多年。从泗水县退休（也有人说是辞职）以后，黄葆年便专心研究太谷学派的学问，尤其是李光炘的学问，可见他对师傅非常敬重，晚年时甚至称李光炘为圣人。
1902年，黄葆年和蒋文田、刘鹗、毛庆藩在上海静安区愚园路10号秘密开了一个小会，会上确定了他的领导地位。同年，黄葆年召集南北二宗的首要人物共聚苏州，通过了创建归群草堂的决议，从此南北正式合宗。
归群这个名字有着特殊的寓意，是希望那些散布天下、落单的门人们早点回来加群，现在流行的QQ群也好，微信群也好，比起归群草堂的群来说晚了100多年。
归群草堂创建以后，黄葆年等人四处找关系，希望能够为太谷学派鸣冤，这也是师傅生前最大的愿望。光绪32年（1906年），御史乔茂轩（归群弟子）在学部尚书荣庆的支持下上书为张积中翻案，朝廷也表示了重视，派了山东巡抚杨士骧落实彻查当年那件案子。可惜，由于种种原因黄崖教案最终也没能有实质进展，不过从那以后，官府对太谷学派不再视为邪教打击了，归群草堂也开始有了小范围的公开活动。
实际上，归群草堂从1903年以后就开始组织各种活动了，如第一花朝蝴蝶会、癸卯重阳之会、甲辰重九之会等，本着开放度高、实践性强的宗旨，渐渐地归群草堂规模越来越大，鼎盛时期因为学生太多，仅教室就修了一百余间。因为《太谷遗著》封面是黄色的，黄葆年姓黄，苏州的宅子大门也是黄色，所以太谷学派在黄葆年领导的那段时间又被称为黄门。当年黄葆年所住的燕子桥40号就是归群草堂的遗址。
1924年，黄葆年死于上海，归群草堂由李光炘的长孙，同时又是黄葆年的女婿李泰阶接任山长，是太谷学派的第四代传人。此时的太谷学派已经渐趋没落了，大约执掌归群草堂两三年后便去逝了，此后暂时无人接任讲学。
此时的归群草堂已经十分困难了，当年那上百间的教室早就没了，只有一间租金没到期的房子，办学的钱更是一毛没有。据一些学生回忆说，当时一天只有两顿稀粥配一碟醃菜。值此危难时刻，蒋文田的夫人站出来，指定黄葆年的二儿子，同时又是刘鹗的大女婿黄仲素（寿彭）主持讲学，黄仲素成为归群草堂的末任山长，太谷学派的末传。
抗日战争暴发以后，黄仲素到泰州避难，依旧保持着非常小规模的讲学，抗战胜利后搬回苏州不久后病逝。
在黄仲素讲学期间，有一个人需要着重提一下，他叫张德广，1915年正式入学归群草堂，一直追随黄葆年学习。黄葆年死后，张德广感觉“先圣先贤遗著，未经辑订者尚众。抱残守缺，久或湮没”，于是开始四处奔赴，恳请同门一起搜集这些遗著、资料，期间的艰辛不为外人所知。他甚至把家里的地都卖了，亲友们不理解，叫他张三疯子。最后，张德广于1933年冬天编抄完成了《归群宝笈》253卷。1934年秋天完成了《归群宝笈续编》63+1卷，整个太谷学派都应该记住他，没有他的抢救，太谷学派的大部分遗著都会失传了。
两部书完成以后，张德广就把它们锁到保险柜里，除了同门弟子以外，外人想看一眼门都没有。与张德广不同的是，1933年，刘大绅和潘孝侯在天津合伙印刷《龙川先生诗钞》、《李氏遗书》，黄仲素等人听说后立刻炸锅了，联名写信怒斥刘大绅他们泄漏太谷学派的天机，要求他们立刻把《李氏遗书》烧掉，还得把纸灰包好了沉到长江里。《龙川先生诗钞》就不必烧了，不过也得收缴回来，放到龙川祠堂里保存，不能在外面流传。张德广也是联名写信的人之一。
不久，刘大绅回信说，太谷学派遗书是因为黄崖教案不得不在门内秘传，如今已经上报请求重新调查了，为什么不公诸于众，让门内圣学发扬光大呢？虽然黄仲素还是顽固地认为这样不行，多数门人已经不那么坚持了。张德广感觉刘大绅说得非常有道理，就私下里和刘大绅往来通信，后来还把自己编辑的成果抄了一份《归群宝笈目录》给刘大绅寄了过去。
从周太谷开始讲学，有过大成教、泰州教、黄崖教、太谷教等很多种叫法，并没有太谷学派一说。1927年，钟泰的学生卢冀野在《东方杂志》上发表《太谷学派沿革及其思想》，这是第一次出现太谷学派一词。1957年，刘大绅之子刘蕙孙教授根据《归群宝笈目录》和家传文献，发表了《太谷学派的遗书》一文，首次公开了太谷学派的遗书目录，学术办对太谷学派才有了初步了解。
通过上面所述，道友们对太谷学派应该有了大概的了解，它虽然规模不太大，但是三教九流，“官商市侩僧尼道俗”全都有，成员构成比较复杂，门内也不乏官绅，更重要的是太过神秘了，所以在特殊时期、特殊环境下引起官府的注意也就不奇怪了。
太谷学派的著作非常多，至少有一百种以上，周太谷死后，弟子汪全泰等人曾经整理过一次，然后送到了张积中那里。张积中又把《古三经或问》和他保留的一些遗著添加进去，整理成了《周氏遗书》，南北二宗就用它来作为内部的讲学用的稿子。因为不能外传，这些稿子都是在学派内部传抄的，所以都是手稿或手抄本，并没有印刷件。hTtPs://M.ensotemple.com
黄崖教匪案事发后，张积中手中的《周氏遗书》（北本）没能保存下来，李光炘怕师傅的遗著再发生意外，鸡蛋放在多个筐里才安全嘛，于是就把他手中的南本抄写了十二份，自己家保存原版，其它的分别交给了可靠的弟子，叮嘱他们好生收藏起来。刘鹗也收藏了一份，因为门内都称这是一部圣经，所以刘鹗专门请巧匠做了一个楠木小箱，配了一把小金锁。据看过的人说，这个小箱子有把手，有抽门，里面设计了十个小抽屉，各放一本书。这套书的装帧也极为考究，黄绫子的书面，恭楷抄写。这十本书分别是：
第一本：图原、书原、九畴、易图说、易图说传、卦序、易传上经；
第二本：易传下经、卦说、诸弟子跋；
第三本：道原、道由路也说、太谷十一经或问、诸弟子注；
第四至第十本：太谷传经。
当然了，太谷学派的门人弟子称之为圣经，和西方人的圣经没有一丝关系，也不是圣人所写的意思，而是因为它是讲圣功的经书，所以才有圣经之名，道友们不要误会。
可惜的是，解放后这十二套《周氏遗书》在那场运动中大多都散失了，据说最后还有三套存世，目前已知下落的有两套。一套是刘鹗家的，几经辗转后由刘蕙孙教授捐给了浙江省图书馆，当年那套愚园雅图集也在刘教授手中。还有一套是黄葆年家传下来的，有人说最后到了苏州图书馆，也有人说到了泰州新华书店，条件原因没能考证出来。除这两套以外，据说民间还有全套珍藏本，一直没有得到证实。
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